LAMMPS (2 Aug 2023 - Update 1) OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:98) using 1 OpenMP thread(s) per MPI task # Using KIM Simulator Model : Sim_LAMMPS_SMTBQ_SallesPolitanoAmzallag_2016_Al__SM_404097633924_000 # For Simulator : LAMMPS 22 Sep 2017 # Running on : LAMMPS 2 Aug 2023 # Lattice spacing in x,y,z = 4.0470597 4.0470597 4.0470597 Created orthogonal box = (0 0 0) to (40.470597 40.470597 40.470597) 1 by 1 by 1 MPI processor grid Created 4000 atoms using lattice units in orthogonal box = (0 0 0) to (40.470597 40.470597 40.470597) create_atoms CPU = 0.001 seconds Reader SMTBQ potential file /tmp/kim-shared-library-parameter-file-directory-XXXXXXnFQfK8/ffield.smtbq.Al with DATE: 2015-10-22 Pair SMTBQ: generating Coulomb integral lookup table ... generating Second Moment integral lookup table ... Initial system volume: 66285.5451982462 Angstroms^3 CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE Your simulation uses code contributions which should be cited: - OpenKIM Project: doi:10.1007/s11837-011-0102-6 - OpenKIM potential: https://openkim.org/cite/SM_404097633924_000#item-citation The log file lists these citations in BibTeX format. CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE Generated 0 of 0 mixed pair_coeff terms from geometric mixing rule Neighbor list info ... update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes max neighbors/atom: 5000, page size: 100000 master list distance cutoff = 13.1714 ghost atom cutoff = 13.1714 binsize = 6.5857, bins = 7 7 7 1 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 0 0 (1) pair smtbq, perpetual attributes: full, newton on pair build: full/bin/atomonly stencil: full/bin/3d bin: standard Setting up Verlet run ... Unit style : metal Current step : 0 Time step : 0.001 A la fin de Compute Newton_pair : 1, evflag 1, tail_flag 0,vflag_fdotr 0 neighbor->includegroup 0 Energie de la team 0 -- 4000 atome -------(nteam = 0) Vself -2.437300, Som q2 : 0.000000, nmol 4000.000000 Energie coul tot : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie ionique : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie elect tot : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie cp pair ox : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie cp pair sm : 5989.646857 | 1.497412 par mol Energie cov sm : -19325.093486 | -4.831273 par mol Energie totale : -13335.446629 | -3.333862 par mol ================================================= Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 19 | 19 | 19 Mbytes Step TotEng v_etotal_metal PotEng v_pe_metal Temp v_T_metal Volume v_V_metal Press v_P_metal 0 -13173.576 -13173.576 -13335.447 -13335.447 313.15 313.15 66285.545 66285.545 2608.3774 2608.3774 A la fin de Compute Newton_pair : 1, evflag 0, tail_flag 0,vflag_fdotr 0 neighbor->includegroup 0 Energie de la team 0 -- 4000 atome -------(nteam = 0) Vself -2.437300, Som q2 : 0.000000, nmol 4000.000000 Energie coul tot : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie ionique : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie elect tot : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie cp pair ox : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie cp pair sm : 5987.451034 | 1.496863 par mol Energie cov sm : -19322.668616 | -4.830667 par mol Energie totale : -13335.217582 | -3.333804 par mol ================================================= A la fin de Compute Newton_pair : 1, evflag 0, tail_flag 0,vflag_fdotr 0 neighbor->includegroup 0 Energie de la team 0 -- 4000 atome -------(nteam = 0) Vself -2.437300, Som q2 : 0.000000, nmol 4000.000000 Energie coul tot : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie ionique : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie elect tot : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie cp pair ox : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie cp pair sm : 5981.074594 | 1.495269 par mol Energie cov sm : 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319.24937 67703.296 67703.296 297.48369 297.48369 Loop time of 166.955 on 1 procs for 1000 steps with 4000 atoms Performance: 0.518 ns/day, 46.376 hours/ns, 5.990 timesteps/s, 23.959 katom-step/s 99.7% CPU use with 1 MPI tasks x 1 OpenMP threads MPI task timing breakdown: Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total --------------------------------------------------------------- Pair | 166.52 | 166.52 | 166.52 | 0.0 | 99.74 Neigh | 0.18627 | 0.18627 | 0.18627 | 0.0 | 0.11 Comm | 0.066589 | 0.066589 | 0.066589 | 0.0 | 0.04 Output | 0.0001925 | 0.0001925 | 0.0001925 | 0.0 | 0.00 Modify | 0.15595 | 0.15595 | 0.15595 | 0.0 | 0.09 Other | | 0.02558 | | | 0.02 Nlocal: 4000 ave 4000 max 4000 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nghost: 13969 ave 13969 max 13969 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Neighs: 0 ave 0 max 0 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 FullNghs: 2.29486e+06 ave 2.29486e+06 max 2.29486e+06 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Total # of neighbors = 2294860 Ave neighs/atom = 573.715 Neighbor list builds = 4 Dangerous builds = 0 flag: Temp = 313.455522691741, Press = 54.7458639314143 Generated 0 of 0 mixed pair_coeff terms from geometric mixing rule Setting up Verlet run ... Unit style : metal Current step : 1000 Time step : 0.001 A la fin de Compute Newton_pair : 1, evflag 1, tail_flag 0,vflag_fdotr 0 neighbor->includegroup 0 Energie de la team 0 -- 4000 atome -------(nteam = 0) Vself -2.437300, Som q2 : 0.000000, nmol 4000.000000 Energie coul tot : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie ionique : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie elect tot : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie cp pair ox : 0.000000 | 0.000000 par mol Energie cp pair sm : 5916.816201 | 1.479204 par mol Energie cov sm : -19079.697413 | -4.769924 par mol Energie totale : -13162.881212 | -3.290720 par mol ================================================= Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 19.01 | 19.01 | 19.01 Mbytes Step TotEng v_etotal_metal PotEng v_pe_metal Temp v_T_metal Volume v_V_metal Press v_P_metal 1000 -12997.858 -12997.858 -13162.881 -13162.881 319.24937 319.24937 67703.296 67703.296 297.48369 297.48369 A la fin de Compute Newton_pair : 1, evflag 0, tail_flag 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313.7079 67788.232 67788.232 -850.84517 -850.84517 Loop time of 159.172 on 1 procs for 1000 steps with 4000 atoms Performance: 0.543 ns/day, 44.215 hours/ns, 6.282 timesteps/s, 25.130 katom-step/s 100.0% CPU use with 1 MPI tasks x 1 OpenMP threads MPI task timing breakdown: Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total --------------------------------------------------------------- Pair | 158.9 | 158.9 | 158.9 | 0.0 | 99.83 Neigh | 0.088604 | 0.088604 | 0.088604 | 0.0 | 0.06 Comm | 0.04778 | 0.04778 | 0.04778 | 0.0 | 0.03 Output | 6.3799e-05 | 6.3799e-05 | 6.3799e-05 | 0.0 | 0.00 Modify | 0.12346 | 0.12346 | 0.12346 | 0.0 | 0.08 Other | | 0.01547 | | | 0.01 Nlocal: 4000 ave 4000 max 4000 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nghost: 13969 ave 13969 max 13969 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Neighs: 0 ave 0 max 0 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 FullNghs: 2.28772e+06 ave 2.28772e+06 max 2.28772e+06 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Total # of neighbors = 2287724 Ave neighs/atom = 571.931 Neighbor list builds = 2 Dangerous builds = 0 67697.9676170023 LAMMPS calculation completed d